Perníkáři společně s pekaři, mlynáři a sladovníky byli společně v jednom cechu, kterému jeho artikule z roku 1512 potvrdil Vilém z Pernštejna. Bohatý cech byl později obdařen i výpisem z majestátu, kterým byl cech vybaven samotným císařem Maxmiliánem r. 1570. Císařovna Marie Terezie pak znovu potvrdila výsady perníkářům v roce 1759. Za vlády Vojtěcha z Pernštejna se již jedna pardubická ulice jmenovala Perníkářská. Nástup rozšířené výroby nastal během průmyslové revoluce po roce 1859, kdy zaujaly perníkářské firmy jedno z předních míst v pardubické ekonomice a přispěly k pověsti města Pardubic jako města perníku.

Na přelomu 19. a 20. století nastává „zlatá doba“ pardubického perníkářství. Ve městě pracovaly menší i velké firmy. Po sametové revoluci v roce 1989 se změny ve vlastnictví velkých perníkářských firem podílely na ukončení výroby několika z nich.

Nově vzniklé firmy na výrobu zdobeného i plněného perníku mezeru na trhu zaplnily. Roku 2004 vzniklo Sdružení Pardubický perník. Společnosti, jež sdružení založily, se proslavily například výrobou figurálního perníku (vyrábí se vykrajováním, případně vypichováním různých tvarů z perníkového těsta, a to jak dvourozměrných, tak trojrozměrných, např. srdce, perníkové figurky, chaloupky aj.) a plněných perníků (jde o dva stejné korpusy spojené ovocnou nebo tukovou náplní polévané čokoládovou, případně cukrovou polevou). V současné době nabízí až osm druhů plněných perníků s ovocnou náplní, jahodový dortík s tukovou náplní a perníčky polévané cukrovou polevou.

Největší snahou Sdružení Pardubický perník je propagace Pardubického perníku a dodržování technologických postupů. Jedním z hlavních cílů je také zajištění a prosazení regionálně chráněného názvu Pardubický perník v Evropské unii pro všechny výrobce Pardubického perníku na katastrálním území města Pardubic.

V roce 2008 došlo k zápisu Pardubického perníku do rejstříku CHZO.